Το τμήμα Προγραμματισμού, Μελετών και Ιστορικής Τεκμηρίωσης έχει ως αρμοδιότητα τον προγραμματισμό, την εκπόνηση όλων των αναγκαίων μελετών των έργων αρμοδιότητας της Δ/νσης, οι οποίες πρέπει να ανταποκρίνονται με την ποιότητα που απαιτείται στις ανάγκες διαχείρισης και σχεδιασμού των μνημείων Παγκόσμιας Κληρονομιάς όπως η Μεσαιωνική Πόλη, αλλά και των άλλων μνημείων που είτε μπορεί να ενταχθούν στην ίδια κατηγορία, είτε να βελτιώσουν την ποιότητα ζωής των κατοίκων και τη μορφή της πόλης, την έκδοση των απαραίτητων αδειοδοτήσεων και την παρακολούθηση της υλοποίησης των έργων και ειδικότερα το σχεδιασμό, την ωρίμανση, την ανάθεση έως την υλοποίηση, την πιστοποίηση της ολοκλήρωσης και την παραλαβή του έργου.
Συγκεκριμένα ασκεί τις αρμοδιότητες:

1. Εκπόνηση αρχιτεκτονικών μελετών αποτύπωσης, αποκατάστασης, αναβάθμισης, ανάπλασης, διαμόρφωσης, μεμονωμένων μνημείων, υπαίθριων χώρων, στατικών μελετών και των αντίστοιχων οικονομοτεχνικών μελετών που τις συνοδεύουν στα πλαίσια του αντικειμένου της Διεύθυνσης.
2. Εκπόνηση μελετών ηλεκτρομηχανολογικών εγκαταστάσεων πάσης φύσεως (ηλεκτρικά ασθενή, ισχυρά, αποτυπώσεις υφιστάμενων δικτύων, υδραυλικά, αποχετεύσεις, όμβρια, πυρασφάλειες, θερμομονώσεις, ενεργειακές μελέτες κλπ) που απαιτούνται για την ολοκλήρωση των μελετών στο πλαίσιο του αντικειμένου της Δ/νσης.
3. Την τοπογράφηση ή οριοθέτηση περιοχών, οικοπέδων, τον συσχετισμό τους με κτηματολογικά διαγράμματα, την ενημέρωση κτηματολογικών διαγραμμάτων, τις επιμετρήσεις, την αποτύπωση μνημείων ή άλλων υφιστάμενων υποδομών, την τήρηση αρχείου γεωπληροφοριακών δεδομένων για τις περιοχές αρμοδιότητας του σε συνεργασία με το Τμήμα Γεωπληροφορικής – Κ.Ο.Σ.Ε.
4. Σύνταξη μελετών διαχείρισης για μνημειακά σύνολα σύμφωνα με τις απαιτήσεις της UNESCO.
5. Συνεργασία με τη Δ/νση Πολεοδομικού Σχεδιασμού για την εκπόνηση και εφαρμογή ειδικών πολεοδομικών μελετών για μνημειακά σύνολα.
6. Εκπόνηση και σχεδιασμό προτάσεων για περιοχές και κτίρια υποβαθμισμένα, που χρίζουν άμεσης αντιμετώπισης στην περιοχή ευθύνης τους.
7. Προώθηση και υποστήριξη δράσεων στο πλαίσιο του Οργανισμού Πόλεων Παγκόσμιας Κληρονομιάς.
8. Μεριμνά για τη διεξαγωγή αρχιτεκτονικών και καλλιτεχνικών διαγωνισμών για την περιοχή ευθύνης του.
9. Σύνταξη προδιαγραφών για επεμβάσεις και κανονισμούς εμφάνισης σε μνημεία ή μνημειακά σύνολα (Μεσαιωνική Πόλη, Νέα Αγορά, Λίνδος), σε συνεργασία με συναρμόδιες υπηρεσίες.

Μεριμνά για την:

1. Προετοιμασία υλοποίησης δράσεων, ενέργειες ωρίμανσης έργων
2. Κατάρτιση τευχών διακηρύξεων /δημοπράτησης έργων
3. Διενέργεια διαγωνισμών επιλογής αναδόχου
4. Κατάρτιση συμβάσεων σε συνεργασία με τη Νομική Υπηρεσία
5. Τήρηση φακέλου έργου
6. Κατάρτιση και παρακολούθηση σχεδίου υλοποίησης έργου
7. Παρακολούθηση χρονοδιαγράμματος έργου
8. Καθορισμός και παρακολούθηση δεικτών υλοποίησης έργου
9. Επικοινωνία με λοιπούς φορείς σχετικά με την πρόοδο του έργου
10. Εφαρμογή των διαδικασιών ελέγχου και πιστοποίησης του φυσικού αντικειμένου
11. Εφαρμογή και έλεγχος εφαρμογής των διατάξεων δημοσιοποίησης/ δημοσιότητας
12. Διαχείριση και ανάλυση κινδύνων που σχετίζονται με την υλοποίηση των πράξεων
13. Διενέργεια των απαραίτητων ενεργειών για την εξασφάλιση των πιστώσεων για την υλοποίηση των έργων
14. Διασφάλιση επιλεξιμότητας των δαπανών στην περίπτωση των συγχρηματοδοτούμενων έργων
15. Τήρηση των ειδικών απαιτήσεων στην περίπτωση των συγχρηματοδοτούμενων έργων.
16. Εναρμόνιση των διαδικασιών που εφαρμόζονται από το Τμήμα με την ισχύουσα νομοθεσία
17. Συνεργασία με εξωτερικούς ελέγχους
18. Εφαρμογή συστήματος τήρησης εγγράφων/ δικαιολογητικών υλοποίησης για τα απαιτούμενα με βάση θεσμικό πλαίσιο χρονικό διάστημα μετά τη λήξη του έργου.
19. Ενημερώνει την Διεύθυνση Προγραμματισμού και Οργάνωσης για την πρόοδο της υλοποίησης των έργων του Τμήματος.

Επίσης:

1. Συνεργάζεται με οποιονδήποτε άλλο φορέα ο οποίος εμπλέκεται στις μελέτες που εκπονεί, ώστε οι μελέτες να είναι εφαρμόσιμες και να ανταποκρίνονται στην κείμενη νομοθεσία και τον χαρακτήρα τους ως μνημεία.
2. Συνεργάζεται με τη Διεύθυνση Προγραμματισμού και Οργάνωσης κατά το σχεδιασμό των προγραμμάτων δράσης του Δήμου που αφορούν στην υλοποίηση του Ετήσιου Προγράμματος Δράσης του Δήμου.
3. Συνεργάζεται με την Οικονομική Υπηρεσία για την οριοθέτηση των ενοικιαζόμενων κοινοχρήστων χώρων της Μεσαιωνικής Πόλης.
4. Συνεργάζεται με την Οικονομική Υπηρεσία για την παρακολούθηση του οικονομικού αντικειμένου των έργων που υλοποιούνται από τη Διεύθυνση.
5. Συντάσσει τεχνικές προδιαγραφές και προσδιορίζει τις ανάγκες κάθε έργου σε υλικά, εργαλεία, τεχνικό εξοπλισμό, ανθρώπινο δυναμικό, κλπ. και εισηγείται τη μεθοδολογία εκτέλεσης κάθε έργου (με αυτεπιστασία ή με ανάθεση σε τρίτους).
6. Συνεργάζεται με τα συνεργεία των Οργανισμών Κοινής Ωφελείας με στόχο το συγχρονισμό εκτέλεσης των έργων υποδομής εντός του τομέα αρμοδιότητας της Διεύθυνσης.
7. Χορηγεί τις απαραίτητες αδειοδοτήσεις σε τρίτους και σε συνεργασία με το Τμήμα Εκτέλεσης Έργων που έχει την ευθύνη της επίβλεψης των εργασιών που υλοποιούνται στον τομέα αρμοδιότητας της Δ/νσης, παρακολουθεί την εξέλιξη των εργασιών και κοστολογεί τυχόν κακοτεχνίες.
8. Μεριμνά στο πλαίσιο της ισχύουσας νομοθεσίας για την διενέργεια των διοικητικών πράξεων, για την επέμβαση σε ιδιωτικά ή δημόσια ακίνητα που είναι επικίνδυνα για την ασφάλεια των δημοτών.

Στις αρμοδιότητες του τμήματος επιπλέον είναι η συλλογή και η μελέτη όλων των απαραίτητων στοιχείων που αφορούν στην ιστορία και εξέλιξη του κάθε μνημείου ή μνημειακού συνόλου, ώστε να είναι δυνατή η σύνταξη και ολοκλήρωση των μελετών επέμβασης.
Είναι υπεύθυνο για:

1. τη συστηματική συλλογή τεκμηρίων (φωτογραφίες, σχέδια) της σημερινής κατάστασης των μνημείων και των μνημειακών συνόλων του αντικειμένου της Δ/νσης, είτε σ’ αυτά υπάρχει εξέλιξη εργασιών είτε όχι.
2. τη συστηματική αρχειοθέτηση και φύλαξη των δεδομένων τόσο σε ηλεκτρονική, όσο και σε συμβατική μορφή.
3. την έρευνα στα γενικά αρχεία του κράτους, τις βιβλιοθήκες και τις άλλες πιθανές πηγές πληροφοριών, αναφορικά με το προαναφερθέν αντικείμενο
4. την μετάφραση και μετάδοση των πληροφοριών στους εκάστοτε μελετητές για την εξαγωγή συμπερασμάτων που διαφωτίζουν την εξέλιξη των κτιρίων

Επίσης, παρέχει γραμματειακή υποστήριξη προς τη Διεύθυνση και τα Τμήματά της (διεκπεραίωση και αρχειοθέτηση αλληλογραφίας, θέματα προσωπικού κλπ) και συνεργάζεται με το αρμόδιο Τμήμα της Διεύθυνσης Τεχνικών Έργων και Υποδομών για την ολοκληρωμένη παρακολούθηση των μελετών και των έργων της Διεύθυνσης.